Let's Encryptを新規のドメインでサーバーにインストールしようとしたらこのようなエラーが出ました。

Client with the currently selected authenticator does not support any combination of challenges that will satisfy the CA.

CentOS6 Apache2の環境ですが、以下のコマンドで解決しました。

# ./certbot-auto --authenticator standalone --installer apache -d ドメイン名 --pre-hook "apachectl stop" --post-hook "apachectl start"

「ドメイン名」のところには、インストールしたいドメインを入れてください。
ドメインが複数ある場合は、,（コンマ）区切りで続ければOKです。

Certbotが証明書を取得している間は一時的にapacheを停止し、証明書の取得後にapacheを再起動するといいみたいです。

今回のエラーの原因は、2018年1月11日にTLS-SNI検証を無効化したことによるとのこと。数日中に新しいバージョンのCertbotをリリースする予定のようです。
詳しい話はこちらのページで
2018.01.11 Update Regarding ACME TLS-SNI and Shared Hosting Infrastructure

参考リンクhttps://github.com/certbot/certbot/issues/5405
https://rms-digicert.ne.jp/digital-certificate-news/update-regarding-acme-tls-sni